Era l'anno 1402 quando un sordomuto, intento al suo quotidiano lavoro, rinvenne in una grotta nei pressi dell'attuale cimitero di Favignana un'immagine del Santissimo Crocifisso raffigurata nel tufo. L’umile contadino per l’emozione provata riacquistò l'uso della favella e corse in paese ad annunciare il miracoloso rinvenimento.

Nel 1820 la venerazione dell'immagine sacra era ancora così profondamente sentita dalla popolazione da decidere di darne una più adeguata collocazione nel luogo di culto. Il crocifisso che si trovava nella parete sinistra della grotta è stato spostato in posizione più centrale, nella parete di fronte all'ingresso. Fu necessaria l'opera di alcuni tagliapietra per estrarre in blocco dalla primitiva parete l'immagine e portarla in fondo alla grotta.

La gente accorreva per pregare davanti al Santissimo Crocifisso e, tale era l'intensità del suo sentire, che non si faceva scrupolo di raschiare la pietra per ricavarne polvere alla quale attribuiva potere miracoloso. Questa consuetudine rischiava di deturpare l'immagine e per evitare ciò è stato costruito un crocifisso di latta sovrapponendolo a protezione di quello originario.

In epoca quasi immediatamente successiva l’orefice Guglielmo Marceca di Trapani fece costruire una croce in legno in cui ammirare, ricopiata, l'identica figura dell'originale.

La croce del Marceca è ancora quella che ogni anno viene portata in processione per le vie del paese nel giorno della celebrazione (14 settembre) della festa del Santissimo Crocifisso.

Nel 1866 il sacerdote Matteo Gandolfo, nell'intento forse di ravvivare i colori della croce rinvenuta nella grotta, diede incarico al professor Pietro Croce di ritoccare gli elementi deteriorati. Questi, anzicché operare un vero e proprio ritocco, fece applicare sull'immagine uno strato di cemento affrescandovi poi il crocifisso riprodotto nella croce di legno del Marceca. Fece, cioè, una copia della copia tratta dall'originale.

Nel 1890, infine, l'arciprete Giuseppe De Vita, accorgendosi che la pittura del professor Croce si era deteriorata a causa dell'umidità, ne affidò il restauro a certo Ciòfalo (pittore di stanze). Questi ricoperse con un nuovo strato di cemento l'opera del professor Croce e dipinse un nuovo crocifisso facendo così scomparire la vera effige dell'originale ritrovato.

Si riconosce ora come vero originale il Crocifisso della Croce di legno dipinto dal Marceca.