Edificato sulla cima di un suggestivo promontorio a 116 metri sul livello del mare, il castello di Punta Troia a Marettimo sorge sulle fondamenta di una torretta di avvistamento costruita probabilmente intorno all'anno 827 dai Saraceni a difesa del presidio arabo.

Attorno al 1140 Ruggero II, re normanno di Sicilia, trasformò la vecchia torre saracena in un vero forte a presidio dell’estremità occidentale del regno.

Nel 1600 circa gli Spagnoli edificarono l'attuale castello, dotandolo di una grande cisterna per la raccolta d'acqua. La cisterna, detta la Fossa, venne successivamente adibita dagli stessi Spagnoli a prigione per i reati più gravi.

Con la Rivoluzione francese il Real Castello di Marettimo divenne orrida prigione, soprattutto per prigionieri politici. Nel 1793, in tempi di repressione antigiacobina e grande carestia, il castello contava ben 52 prigionieri politici, ammassati nella prigione della “Fossa”.

Le condizioni della prigione vennero descritte nelle sue Memorie da Guglielmo Pepe, patriota della Repubblica Partenopea, qui rinchiuso dal 1802 al 1803.

Nel 1844 re Ferdinando II di Borbone, dopo avere ispezionato il castello, ne decise la chiusura.

Durante i conflitti mondiali fu adibito a punto di avvistamento militare e stazione telegrafica.

Rimasto per più di un secolo abbandonato al suo destino, è stato recentemente restaurato. Oggi ospita il museo delle carceri di Punta Troia e l'osservatorio per la foca monaca dell'Area Marina Protetta delle Isole Egadi.