Preistoria
L'uomo ha fatto la sua comparsa nelle Egadi nel paleolitico superiore, come dimostrano i reperti archeologici ritrovati ed i graffiti presenti nelle grotte delle isole.
In quell'epoca (10.000 a.C.) l'intero arcipelago faceva un tutt'uno con la costa sicula: Levanzo doveva essere unita a Favignana da una stretto ponte di terra che si protendeva dall'attuale Cala Dogana verso la zona di S.Nicola.
Il più antico insediamento preistorico di Favignana è quello di cui si sono trovate tracce presso le grotte delle Uccerie nei pressi del Faraglione e nella grotta del Pozzo in zona S.Nicola.
Di avanzato senso artistico i graffiti di un equide e quello di un cerbiatto, incisi con bulini di selce sulla nuda roccia, nella grotta del Genovese a Levanzo. Nella stessa grotta, ma sicuramente di epoca più recente (neolitico), sono dipinti animali domestici, tonni.
Schegge di selce, di ossidiana, frammenti di ossa lavorate, conchiglie ritrovati a Favignana e in tutte le Egadi dimostrano l'uso della pietra per la costruzione di pugnali, punte di frecce e arnesi domestici. Sono stati riportati alla luce frammenti d'argilla grezza, depurata e ben cotta, colorati a vernice nera e rossa, a testimonianza di insediamenti umani nell'età del bronzo.
Sono stati inoltre scoperte in località Torretta tombe di tipo preistorico e segni petroglifici in una grotta presso Cala S.Nicola.

I Fenici
La presenza fenicia nelle isole è testimoniata dalle tracce di una necropoli scoperta in zona S.Nicola e datata circa VIII sec. a.C. e dal ritrovamento marino di un'ancora di pietra ovale e da una raffigurazione in grotta di una nave con invocazione fenicia a Samek (Iside).

Periodo punico
In località Calazza nella parte Nord-Est di Favignana sono affiorate dagli scavi due tombe d'età tardo-ellenistica, contenenti due scheletri e una lucerna d'argilla. Ed ancora un'intera necropoli ellenistica a loculi rettangolari è stata individuata presso la Cala S.Nicola. In tale zona, nella grotta del Pozzo, nei pressi del cimitero, sono state individuate iscrizioni fenicio-puniche risalenti al I sec. a.C.

Periodo romano
A Favignana sono scarsi i ricordi del periodo di dominazione romana. Sono venuti alla luce mosaici di origine imperiale romana ed un ninfèo adibito probabilmente a bagno delle donne presso S.Nicola.
Marettimo fu senz'altro sede di un presidio di Roma. Nel pianoro denominato Case Romane vi sono i resti di un vasto edificio del I-II sec. a.C. dal quale si domina tutto il mare a levante dell'isola.
Caverne già utilizzate dai punici assommano ai vecchi segni i nuovi, tipici del paleo-cristiano.
A Sud-Est dell'isola di Favignana sono stati riportati alla luce loculi di una necropoli di quest'epoca. In prossimità del cimitero esiste, salvato nella roccia, un altarino con archetti pensili: tipica sepoltura cristiana del IV-V sec., anche se la grotta risulta abitata in precedenza dai Punici.
Presso il piccolo museo isolano si possono vedere resti di una lucerna cristiana in argilla del V-VI sec., monete puniche e post-costantiniane, vetri bizantini policromi.

Gli arabi
In relazione ai ruderi che ancora avanzano, si ritiene che nella zona della Torretta doveva esservi una torre fabbricata dai saraceni per garantire l'isola da invasioni.
Probabilmente risalgono alla stessa epoca (810 d.C.) le torri trasformate in seguito a castelli di S. Caterina e di S. Leonardo a Favignana; a Levanzo sul pizzo Torre; a Marettimo a Punta Troia.

I normanni
Nel 1120 Ruggero II con un editto regio stabiliva la fortificazione di Favignana e faceva trasformare due delle tre torri arabe in fortezze (S. Caterina e S. Leonardo). Fece costruire pure la fortezza di S. Giacomo e non ebbe cura della Torretta divisando l'isola ben difesa.
A Marettimo, in luogo della torre saracena, i normanni eressero l'impervio Castello di Punta Troia.
Di particolare interesse è la piccola chiesa che si trova a Marettimo in zona Case Romane di stile orientale databile intorno al XII-XIII sec.

Gli spagnoli
In più d'una grotta a Favignana sono state rinvenute piccole edicole, iscrizioni e stemmi spagnoli.
Presso S.Nicola troviamo lo stemma patrizio dei Moncada scolpito nella roccia tufacea. (XVI sec.)
Sotto la dominazione aragonese, Andrea Riccio, signore di Favignana, ricostruì il forte di S. Caterina (1498). Al sommo dello stipite destro della porta è collocato uno stemma corroso dal tempo che certamente si riferisce al Casato aragonese. Altra iscrizione si trova in un muro intero del castello: si distinguono il nome della città di Catania e la data 1646. In quell'anno il castello fu rimesso in efficienza, perché si temeva lo sbarco del Duca di Guisa.